Trên cơ sở các Nghị định, Thông tư hướng dẫn và quy định về KCN, KCX, Cơ cấu tổ chức của Ban Quản lý các KCN Thái Nguyên gồm:

1. Lãnh đạo Ban gồm có: Trưởng ban và 06 Phó Trưởng ban.

2. Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ: Có 04 phòng, cụ thể:

- Văn phòng;

- Phòng Quản lý đầu tư;

- Phòng Quản lý quy hoạch và môi trường;

- Phòng Quản lý doanh nghiệp.

3. Đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Ban: 03 đơn vị, gồm:

- Trung tâm Dịch vụ Khu công nghiệp Thái Nguyên;
- Ban quản lý dự án xây dựng hạ tầng Khu công nghiệp Sông Công 2;

- Ban quản lý dự án xây dựng Khu công nghiệp Điềm Thụy - Khu A.